Nazwa Czarnowo jest bardzo stara, książę mazowiecki Janusz I nadając ziemię rycerzom herbu Cholewa z ziemi płockiej zapisał w nadaniu nazwę Czarnowo (rok 1418). Zapewne ta nazwa pochodziła jeszcze z czasów pierwszego osadnictwa w tej okolicy
z X- XIII wieku. Na tej ziemi powstały wsie Czarnowo Undy i Czarnowo Dąb, należące do parafii Kołaki Kościelne i obecnie również do gminy Kołaki Kościelne. Lecz obszar zwany Czarnowo był znaczenie większy i został sztucznie podzielony granicą mazowiecko-litewską na początku XV wieku. Po stronie litewskiej pozostał również pewien obszar zwany Czarnowo. Czarnowo „litewskie” należało do rodu Kuleszów z Kulesz i to właśnie oni zasiedli ten obszar jeszcze w pierwszej połowie XV wieku. Z lat 1431-1441 pochodzą zapisy o wsi Czarnowo alias Kulesze- Bogdanowięta. Mieszkała tu gałąź rodu Kuleszów, która przyjęła przydomek Biki. Na przykład w pierwszej połowie XVI wieku żył Jan Bik (Joannis Biko). Słowo to według językoznawców pochodziło od staropolskiego określenia bik, czyli próżniak, piecuch, drągal.
W 1493 roku jeden z rycerzy z tej wsi brał udział w fundacji kościoła w Rokitnicy (Kulesze Kościelne), był to Andrzej hearades de Ciarnowo Biki. Zatem już w tamtych czasach nazwę zapisywano jako Czarnowo. Popis pospolitego ruszenia z 1528 roku zapisał nazwę wsi jako Byki, mieszkało tu zaledwie 3 rycerzy: Matej Szczepanowicz, Mroczek Bartoszewicz i Andrej Petrowicz.
Przez następne wieki nazwa tej wsi bywała pisana różnie. W 1569 roku pojawia się zapis Cziarnowo Biki, w czasie spisu podatkowego z 1580 roku Kuliesze Biki, Bykow, Cziarnowo, w 1790 roku na mapie Podlasia zapisano ją jako Kulesze Cziarnowo, jednak w XIX wieku przyjęła się nazwa Czarnowo Biki, czasem przez pomyłkę pisano też Byki.
Dawni heraldycy utożsamiali mieszkańców tej wsi z Czarnowskimi herbu Cholewa, notowanymi w sąsiednich wsiach Czarnowo Dąb i Czarnowo Undy w parafii kołakowskiej, jednak mimo wspólnej nazwy ta wieś nie miała wspólnych dziedziców, mieszkali tu na początku Kuleszowie, to oni ją założyli, tyle że na obszarze nazywanym Czarnowo. Stąd powstało mylne wrażenie, że Czarnowo Biki było częścią okolicy szlacheckiej Czarnowo. Przeczy temu choćby spis podatkowy z 1580 roku, w którym tę wioskę opisano razem z innymi częściami Kulesz, zatem była to część „okolicy szlacheckiej” Kulesze, a nie Czarnowo. Wskazują na to również zapiski genealogiczne rodu Kuleszów, wielu z nich pisało się właśnie z tej wsi. Już z 1441 roku pochodzi zapis na temat Jakuba Kuleszy z Czarnowa.
Zatem była to wioska należąca do Kuleszów i to właśnie oni byli pierwszymi dziedzicami wsi. W 1827 roku miejscowość liczyła 11 domów i 57 mieszkańców.
Słownik Geograficzny z 1880 roku zapisał: Czarnowo Byki (właściwie Biki), wieś szlachecka, powiat mazowiecki, gmina Mazowieck, parafia Kulesze. Wspominana w dokumentach z 1418 roku.
Dane z 1891 roku mówią o 10 drobnoszlacheckich gospodarzach w tej wsi na 74 ha ziemi. Zdecydowana większość to były grunty orne (tylko 4 ha lasów i 1 ha łąk). W 1921 roku istniało 21 domów z liczbą 125 mieszkańców.
