Te ziemie pierwotnie należały do Wielkiego Księstwa Litewskiego. W 1528 roku w tym państwie dokonano przeglądu (popisu) stanu pospolitego ruszenia, podstawowej siły zbrojnej Litwy. Zachowały się do naszych czasów dokumenty z tego właśnie przeglądu, świadczące również o istnieniu tej osady. Według niego na popis stawiło się ośmiu rycerzy i jedna wdowa, zatem była to dosyć liczna wioska – liczyła około 9 rodzin. Lecz zamieszkiwała ją uboga szlachta, w sumie wystawiła na wojnę 2 konnych jeźdźców. Nazwę wsi zapisano wtedy Bukow Chojenki. Miejscowi rycerze od nazwy swej rodowej wsi zaczęli przyjmować nazwisko Chojeński. Właśnie takie nazwisko nosił jeden z rycerzy z tej wsi już w 1528 roku (Paweł Chojeński, sam wystawił jednego konnego jeźdźca).
Jest to pierwsza wzmianka o istnieniu wsi Chojane, wkrótce potem pojawiają się kolejne. W sądach podlaskich zapisano notatkę z 1542 roku o tym, iż Rosław i Stefan, synowie Józefa z Chojan, procesują się z Mikołajem i Stanisławem z Chojan. Trudno określić, czy ten zapis odnosi się do tej wsi, ponieważ w XVI wieku powstało kilka miejscowości o nazwie Chojane, lecz jest to prawdopodobne.
Nazwa miejscowości bywała pisana różnie, wyżej wspomniano o nazwie Bukow, jednak w 1569 roku zwano ją Bączki, również w następnych wiekach dominowała już ta właśnie nazwa.
Tutejszy ród był bardzo liczny, zasiedlił okoliczne ziemie tworząc tak zwaną okolicę szlachecką Chojane. Jak liczna była to szlachta można było się przekonać w czasie składania przysięgi na wierność królowi polskiemu podczas unii polsko-litewskiej i włączania Podlasia do Polski. W urzędzie grodzkim w Bielsku stawiło się wielu Chojeńskich, wymienia się tam: Józefa, Bartłomieja, Zacharyasza i Marcina, synów Abrahama; Feliksa, syna Andrzeja; Domarata i Gabryela, synów Jakóba; Adama i Wojciecha, synów Pawła; Kaliksta, syna Stanisława; Mojżesza i Szymona, synów Michała; Marcina, syna Bogdana; Macieja, syna Zbiluta; Jana, Wielisława i Marcina, synów Józefa; Serafina, syna Mikołaja, i Szymona, syna Boruty. Na pewno nie wszyscy mieszkali w tej wsi, ale pewnie wielu z nich miało działy również tutaj. Wśród Chojeńskich notowano także znaczniejszych rycerzy, był nim na przykład Mateusz Chojeński, komornik ziemski bielski w początkach XVII wieku.
Zasadą było, aby ziemię dzielić równo między synów i córki. W wyniku tego oraz spadków i darowizn wytworzyła się w tego typu wsiach bardzo skomplikowana struktura własności. Powodowało to liczne konflikty między sąsiadami. Jak pisano: młody szlachcic żeby udowodnić swą pełnoletniość uważano, powinien odbyć pojedynek i wytoczyć proces. Gdyby nie było hipotek, w każdym majątku starannie konserwowano archiwa. W nich wynajdywano dowody do pieniactwa. Takie były procesy jak na przykład o charta, o zgubioną rękawiczkę. Również Chojeńscy procesowali się często ze sobą oraz z innymi. Te sprawy docierały aż do Trybunału Lubelskiego, czyli sądu apelacyjnego. Akta lubelskie wspominają o Feliksie, Krzysztofie, Pawle i Jadwidze, dzieciach Jana (1583), o Janie, synu Marcina; Serafinie, synie Mikołaja i Wojciechu, synu Stefana, dziedzicach Chojan 1586 roku, o Walentym, Bartłomieju, Wojciechu i Eustachym, synach Jana (1581). Wszyscy procesowali się w Lublinie w końcu XVI wieku.
Dawni historycy nie byli zgodni, jakiego herbu używali ci rycerze. Adam Boniecki nie określił w ogóle tego herbu, natomiast hrabia Uruski przypisał im herb Abdank. Natomiast w XIX wieku niektórzy z nich zostali urzędowo przypisani do herbu Korczak, tak jak inna rodzina Chojeńskich z ziemi chełmskiej. Zapewne było tak, że Chojeńscy (alias Choińscy) pochodzili z Wielkopolski z Chojna z rodu Abdanków, osiedlili się tutaj i nazwali swoją nową siedzibę na pamiątkę rodowej wsi w Wielkopolsce (okolice Kościana). Może na to wskazywać herb Abdank używany przez Mateusza Chojeńskiego komornika ziemskiego bielskiego z początków XVII wieku oraz jego synów.
Jednak w następnych latach ród upadł i nie odgrywał już większej roli. Była to uboga zaściankowa szlachta, która wiedziała o rycerskim pochodzeniu, ale świadomość herbu zatarła się. Jedynie mieszkańcy Chojan Sierocięta potrafili przed Heroldią Królestwa Polskiego udowodnić swoje prawa szlacheckie, ale już z herbem Korczak, który zapewne nie był ich pierwotnym znakiem herbowym.
Chojane Bąki były niewielką wioską zaściankową zamieszkałą wyłącznie przez drobną szlachtę, wioska liczyła kilka domów. W 1827 roku w tej miejscowości naliczono 8 domów i 39 mieszkańców, była to niewielka osada w parafii Kulesze.
W 1867 roku władze carskie utworzyły samorządowe gminy wiejskie, powstała wtedy gmina Chojane. Jednak w latach osiemdziesiątych XIX wieku gmina Chojane została zlikwidowana i w większości włączona do gminy Wysokie Mazowieckie (ówcześnie Mazowieck). Według danych z 1891 roku w Chojanach Bąkach istniało 10 gospodarstw drobnoszlacheckich, uprawiali oni 46 ha ziemi, średnie gospodarstwo miało 4,6 ha.
Spis powszechny z 1921 roku umieszcza tę miejscowość w gminie Wysokie Mazowieckie, liczyła w tym czasie 8 domów i 48 mieszkańców.
Warto wspomnieć o nieistniejącej już miejscowości Chojane Boruty, która istniała w pobliżu tej miejscowości. Notowano ją od połowy XVI wieku do końca XIX stulecia, było to niewielkie osiedle drobnoszlacheckie.
